SchemaExportTask

Hibernate2.1.3 で、SchemaExportTask の hibernate.cfg.xml の読込処理が変わっていたのですね。ちょっとはまりました。

http://nekop.programmers.jp/wiki/Hibernate/?OpenSourceJavaProducts

SchemaExportTaskは2.1.2まではClass#getResourceAsStream()を用いてhibernate.cfg.xmlを読み込んでいましたが、FileInputStreamに変更されたため、リソース名ではなくファイル名を指定しなければなりません。
今まではconfig="/hibernate.cfg.xml"でしたが、 2.1.3ではconfig="classes/hibernate.cfg.xml"というように指定することになります。